Испания, 1944 год. Среди густых лесов Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. В это неспокойное время юная Офелия, десятилетняя мечтательница с богатым воображением, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Их принимает новый глава семьи — капитан Видаль, безжалостный офицер франкистской армии, одержимый идеей уничтожения повстанцев. В этом суровом мире девочка находит утешение в древнем заброшенном лабиринте, скрытом неподалеку от дома.
В глубине таинственного лабиринта Офелия встречает волшебное существо — Фавна, хранителя подземного царства. Существо открывает ей невероятную тайну: оказывается, девочка является потерянной принцессой магического королевства, которую столетиями искал её бессмертный отец. Чтобы вернуться в своё истинное королевство, Офелия должна выполнить три мистических испытания до наступления полнолуния, храня свою миссию в строжайшей тайне ото всех.